В WooCommerce никак не выводились подкатегории в категориях - выводился только список товаров.
Настройка через админку никак не изменила ситуацию (Внешний вид - Настроить - WooCommerce - Каталог товаров - Отображение категории - Отображать подкатегории и товары).
Т.к. тема моя, она очень простая и в ней не было функции вывода подкатегорий в категориях для WooCommerce.
//Объявляем поддержку WooCommerce
add_action( 'after_setup_theme', function() {add_theme_support( 'woocommerce' );});
//Включаем WooCommerce галерею товаров, Zoom и LightBox (v3.0+)
add_theme_support( 'wc-product-gallery-slider' );
add_theme_support( 'wc-product-gallery-zoom' );
add_theme_support( 'wc-product-gallery-lightbox' );
//Плюс до и после контента в шаблоне надо добавить <div class="woocommerce"></div>
-2-
В шаблон темы до и после контента, который выводит магазин (каталог товаров, категории, страницы товаров) необходимо добавить <div> с классом class="woocommerce", то есть КОНТЕНТ должен отображаться в указанном ниже <div>:
<div class="woocommerce">КОНТЕНТ</div>
WooCommerce сам включит и правильно отобразит подкатегории в категориях.